Федеральное государственное бюджетное учреждение "Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью" Федерального медико-биологического агентства (далее - Учреждение) является федеральным государственным бюджетным учреждением науки (Распоряжение Правительства Российской Федерации от 28 марта 2020 г. № 771-р).
Учреждение, ранее именуемое как федеральное государственное бюджетное учреждение "Научно-исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина" Министерства здравоохранения Российской Федерации, было образовано постановлением Совнаркома РСФСР от 29.10.1931 № 1135 как Центральный институт коммунальной санитарии и гигиены Наркомздрава СССР.
Приказом Наркомздрава СССР от 25.08.1944 № 560 на базе Центрального института коммунальной санитарии и гигиены Наркомздрава СССР организован Институт общей и коммунальной гигиены Академии медицинских наук, который в соответствии с постановлением Совнаркома СССР от 30.06.1944 № 797 был включен в состав Академии медицинских наук СССР.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 12.06.1957 Учреждению было присвоено имя А.Н. Сысина.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 04.01.1992 № 5 "О преобразовании Академии медицинских наук СССР в Российскую академию медицинских наук" и приказом Российской академии медицинских наук от 23.03.1992 № 18 Учреждение включено в перечень учреждений, организаций и предприятий, находящихся в подчинении Российской академии медицинских наук, как Научно-исследовательский институт общей и коммунальной гигиены имени А.Н. Сысина.
В соответствии с приказом РАМН от 28.05.1992 № 34 Научно-исследовательский институт общей и коммунальной гигиены имени А.Н. Сысина переименован в Научно- исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина Российской академии медицинских наук.
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии медицинских наук от 03.10.2001 № 292 Научно-исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина Российской академии медицинских наук переименован в Государственное учреждение Научно-исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина Российской академии медицинских наук.
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии медицинских наук от 25.06.2008 № 147 Государственное учреждение Научно-исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина Российской академии медицинских наук переименован в Учреждение Российской академии медицинских наук Научно-исследовательский институт экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина РАМН.
В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 02.09.2010 № 1441-р Учреждение передано в ведение Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 19.07.2012 № 1286-р Учреждение отнесено к ведению Министерства здравоохранения Российской Федерации.
Приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 05.04.2017 № 157 Учреждение переименовано в федеральное государственное бюджетное учреждение "Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью" Министерства здравоохранения Российской Федерации.